Finans Mühendisliği Yüksek Lisans Programı, Endüstri Mühendisliği Bölümü, Matematik Bölümü ve İşletme Bölümü tarafından ortaklaşa verilen, disiplinlerarası bir programdır. Türkiye’de Finans Mühendisliği eğitiminde YÖK tarafından onaylanmış olan ilk akademik programdır. Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde ikincil bir yüksek lisans programı olarak düzenlenmiştir.

Programın temel hedefi, yeni ve büyümekte olan finans sektöründe çalışmak isteyen öğrencilere yüksek lisans seviyesinde teknik bir eğitim vermektir. Finans sektörü, yatırım bankalarını ve şirketleri, finansal yönetim ve danışmanlık firmalarını, sigorta şirketlerini ve finansal piyasalara yatırım yapan firmaları kapsamaktadır. Öğrenciler, kantitatif teknikler ve stokastik modelleme konularında kendilerine sağlam bir altyapı sağlayacak olan ve teknik ağırlıklı bir ders programına tabi tutulacaklardır.  Önemli olan, bu tekniklerin ve modellerin finansal piyasalarda bilişimsel yöntemlerle ve simülasyonlar ile uygulamaya konulmasıdır. Bu bölümden mezun olanlar, finans piyasalarını değerlendirebilecekleri, yatırım stratejileri belirleyebilecekleri ve aynı zamanda yeni finansal ürünler tasarlayıp projelendirerek pazarlayabilecekleri gerekli araçlarla ve becerilerle donatılmış olacaklardır.

Eğitim programı belirgin bir çeşitlilik gösterdiği için, üniversitenin temel fakültelerinden üçünün katılımıyla farklı bilim dallarının bir araya gelerek oluşturduğu bir yapıya sahiptir.